上海創新能力不斷提升，42個項目分獲2004年度國家自然科學獎、國家科技進步獎，占獲獎總數的13.95％。上海獲獎總數和一等獎數均創歷史新高。 　　中科院上海光學精密機械研究所完成的《小型化OPCPA（光學參量啁啾脈沖放大）超短超強激光裝置研究》等4個項目摘取國家科技進步一等獎。復旦大學趙東元教授等完成的《有序排列的納米多孔材料的組裝合成和功能化》等3個獲獎項目，覆蓋全球關注的生物技術、新材料和信息技術等熱點領域。 　　在獲獎的項目中，企業領銜完成的有15項，占獲獎總數的35.71%，比重較往年有明顯提升，這表明企業正逐步成為上海科技創新的主體。同時，42個獲獎項目共申請專利206項，其中發明專利170項，顯示上海科技原創力不斷增強。 　　項目注重與產業化相結合，或用高新技術改造傳統產業，已成為上海實現可持續發展的重要科技支撐。42個獲獎項目，絕大多數瞄準科技制高點和經濟增長點，應用型項目占87%。獲獎項目中，有一批是與人民身體健康相關的醫藥醫學項目及研究生態、資源、環境和可持續發展的項目。上海交大等單位完成《個性化假體CAD/CAM技術與計算機輔助臨床工程系統》項目，建成個性化假體數字制造系統，已向全國16省市提供新一代假體。水產大學李思發教授15年選育出世界草食性魚類的首例良種???團頭魴“浦江1號”；同濟大學高廷耀教授10年心系居民用水安全，填補了我國大型源水生物處理理論研究與工程實踐的空白。