長春應化所在加強科技裝備引進的同時，大力加強科學儀器的研發。2000年以來，該所先后研制成功“剪切激光光散射儀”、“五室聯用薄膜制備系統”、“五聯室超高真空有機鍍膜系統”、“四室聯用高真空多功能發光器件制備系統”、“在線生化耗氧量（BOD）快速測定儀”、“生物溶氧（DO）快速在線檢測儀”、“毛細管電泳電化學發光檢測儀”、“彩色等離子體平板顯示（PDP）用熒光粉光學參數測試系統”、“可控制溫熱障涂層自動熱循環儀”等科學儀器計37臺。有的儀器研制填補了國際空白，有的儀器研制達國際領先水平， 有的一起研制在抗擊非典中發揮了積極的作用，有的儀器研發已實現產業化，并進入市場。為進一步加強電分析儀器的研發，2004年3月，該所與吉林省共建了“電分析化學儀器研發中心”。目前，該中心研發的“微型電分析系統”和“微型多功能電化學教學系統”已與澳大利亞格瑞菲斯大學簽署了二次開發協議，促其盡快產業化。