經國務院學位委員會第22次會議批準，根據國務院學位[2006]3號文件通知，上海理工大學新增2個博士、8個一級碩士、24個二級碩士學位授權的學科、專業點，取得了招收和培養研究生并授予學位的資格。 學校新增博士點的學科是：系統分析與集成、測試計量技術及儀器；8個一級碩士點是：應用經濟學、系統科學、機械工程、控制科學與工程、環境科學與工程、生物醫學工程、公共管理、儀器科學與技術。 至此，上海理工大學的學位點已覆蓋工、理、經、管、文、法學6大學科門類，24個一級學科，學校擁有3個一級博士、10個二級博士（不含自設）、11個一級碩士、59個二級碩士學科、專業點。