“十五”期間，我國基礎研究整體水平顯著提高，取得了一批重要成果，大幅提升了我國原始創新能力。 “十五”期間，我國基礎研究投入明顯增長，2001至2005年，全國基礎研究總投入469.3億元、年均增長25.1%，其中2005年達到135億元，較2000年的46.7億元增長了189.1%。 我國科技論文的數量和質量均有較大提高，國際學術地位顯著提升。2004年，SCI收錄的我國（大陸）科學論文數量居世界第5位，我國科學家在國際核心學術刊物上發表的論文數達到1443篇，較1996年的645篇有大幅度增長。這表明我國基礎研究正處在從量的擴張向質的提高的轉變時期。 我國形成了較為完整的基礎學科布局，一批新興交叉學科得到快速發展，納米科學等領域已進入世界先進行列，并建成了一批高水平的國家重點實驗室、重大科學工程等，出現了一批世界水平的創新團隊和科學家。 科技部基礎研究司司長張先恩表示，通過基礎理論的源頭創新推動技術創新，我國在納米科學、量子信息科學、生命科學等方面取得許多高水平研究成果，為未來高技術產業化發展奠定了基礎；而農業、能源、信息、資源環境、人口與健康等領域關鍵科學問題的研究對經濟社會可持續發展的作用也正日益顯露。 盡管我國基礎研究已取得長足發展，某些領域處在世界前沿，但有關專家表示，我國基礎研究與世界先進水平相比還存在較大差距。 我國基礎研究投入占研究與開發經費的比例仍偏低，多年徘徊在6%左右，而國際上創新型國家的這一比例通常為15%至20%；研究項目中人員費用比例過低；原始性創新成果和高質量論文仍較少；基礎研究隊伍整體水平有待提高，需要更多具有國際影響力的杰出科學家；科技資源共享程度低。 張先恩表示，國家采取了許多措施加強基礎研究，如先后設立了國家重點實驗室計劃、國家自然科學基金、973計劃等，使基礎研究條件不斷改善，但目前仍需解決一些現實問題。 此外，我國基礎研究的創新環境仍有待改善，急功近利的學術作風比較普遍，學術失范行為偶有發生，科學爭鳴和學術批評的氛圍亟待加強。 為此，國家已出臺了《關于進一步增強原始性創新能力的意見》《科學技術評價辦法》《國家重點基礎研究發展規劃項目管理暫行辦法》等政策措施，對改進科技評價體系、創造寬松的科研環境發揮了重要作用。 為落實《國家中長期科學和技術發展規劃綱要》，目前科技部正會同國家自然基金委等部門研究制訂《“十一五”國家基礎研究規劃》，力爭顯著提升我國原始創新能力。 “十一五”期間，我國基礎研究工作將部署六大任務，包括完善學科發展布局、穩定發展基礎學科、高度關注和重點發展交叉學科；在基礎科學前沿領域，重點部署研究一批重大問題與重點方向；圍繞國家重大戰略需求，在10個領域進行重點部署；啟動蛋白質、量子調控、納米科學與技術、生殖與發育4個重大科學研究計劃；加強國家科學研究基地建設和科學研究基礎性工作；建設高水平的基礎研究隊伍。