2006年度國家科學技術獎日前揭曉，南京地區共有25個項目獲獎（其中，其他項目5項），占江蘇全省獲獎項目總數的78％，其中駐寧單位為第一完成人的項目達13項（不含其他項目）。南京大學閔乃本院士等完成的“介電體超晶格材料的設計、制備、性能和應用”項目，是自1999年國家獎勵制度改革以來，內地高校獨立完成的第一個國家自然科學獎一等獎，填補了我國多年來該獎項的空白；中科院南京地理與湖泊研究所完成的“湖泊沉積與區域環境變化”、南京航空航天大學完成的“振動控制系統的非線性動力學”獲得國家自然科學獎二等獎；南京林業大學完成的“農林廢棄物生物降解制備低聚木糖技術”獲國家技術發明獎二等獎；南京林業大學等單位完成“竹質工程材料制造關鍵技術研究與示范”獲得國家科技進步獎一等獎，南京南瑞繼保電氣有限公司和國電自動化研究院完成的“RCS-900電力系統高壓大容量主設備保護”、南京大學和南京金鷹軟件系統有限公司完成的“對象化與主體化的軟件協同技術、平臺與應用”、南京農業大學等單位完成的“小麥籽粒品質形成機理及調優栽培技術的研究與應用”等15個項目獲得國家科技進步二等獎。